2002 yılında TFF’de gözlemci olarak göreve başlayan Alper, 2014-2021 yılları arasında temsilcilik görevinde bulunmuş, 2024 itibarıyla ise Dış İlişkiler Kurulu üyeliğine getirilmişti. Toplamda 23 yıllık TFF kariyerini sonlandıran Alper, istifasını kamuoyuna yazılı bir açıklamayla duyurdu.
Metin Alper açıklamasında şu ifadelere yer verdi:
❝Görevlerimin yoğunluğu nedeniyle ayrılıyorum❞
'2002-2008 tarihleri arasında Türkiye Futbol Federasyonu Gözlemcisi, 2014-2021 tarihleri arasında Türkiye Futbol Federasyonu Temsilcisi, 2024 yılından günümüze kadar da Türkiye Futbol Federasyonu Dış İlişkiler Kurulu Üyesi olarak görev yaptım.
Türkiye Futbol Federasyonu çatısı altında görev aldığım 23 yıllık süre boyunca birbirinden değerli hakem, temsilci, gözlemci ve birçok spor adamı ile birlikte çalışma fırsatı buldum.
İstanbul Büyükşehir Belediyesi’ndeki görevlerimin yoğunluğu sebebiyle bugün itibarıyla Türkiye Futbol Federasyonu Dış İlişkiler Kurulu üyeliğinden istifa ediyorum.
Türkiye Futbol Federasyonu’nun mevcut yönetimi ve kurullarının Türk futbolunu gelebileceği en üst noktaya getirmeleri ve necip milletimizi her alanda gururlandırmaları en büyük dileğimdir."