Sezon başında UEFA Avrupa Ligi play-off turunda Macaristan'ın Videoton takımıyla eşleşen bordo-mavililer, sahasında 0-0 berabere kaldığı rakibiyle deplasmanda da aynı skorla biten maçın ardından penaltı atışlarında 4-2 yenilerek, Avrupa'ya erken veda etti.
Bir önceki sezon UEFA Şampiyonlar Ligi'nde başarılı performansıyla dikkati çeken Karadeniz ekibi, bu sezon seri başı olarak katıldığı kura çekiminde ilk turda elendi.
1.Ön elemeden 4 ve 11 Temmuz 2013 tarihleri arasında Avrupa Ligi'nde Trabzonspor'a gelecek muhtemel rakipler
Astra Giurgiu (ROMANYA)
KR Reykjavik (IZLANDA)
F91 Düdelingen (LUXEMBURG)
FK Senica (SLOVAKYA)
Inter Turku (FINLANDIYA)
Piast Gliwice (POLANYA)
BK Hacken (ISVEC)
Hibernian Edinburg (ISKOCYA)
FC Dacia Chisinau (MOLDOVA)
FC L. Tallinn (ESTONYA)
Lokomotiv Zagreb (HIRVATISTAN)
Linfield FC (INGILTERE)
Honved (MACARISTAN)
S.Toppfotball (NORVEC)
FC Valletta (MALTA)
FC Honka Espoo (FINLANDIYA)
NK O.Ljubljana (SLOVENYA)
FC Differdingen (LUXEMBURG)
FK Metalurgs (LETONYA)
Gefle IF (ISVEC)
FC Jerewan (ERMENISTAN)
FC St. Johnstone (ISKOCYA)
FK Inter Bakü (AZERBAYCAN)
Stara Sagora (BULGARISTAN)
Skonto Riga (LETONYA)
FC Dila (GÜRCISTAN)
S.Brijeg (BOSNA HERSEK)
FC Banja Luka (BOSNA HERSEK)
Südüva (LITVANYA)
FC Vaduz (LIECHTENSTEIN)
FC Flora Tallinn (ESTONYA)
FK Jagodina (SIRBISTAN)
FK Xezer Lenkeran (AZERBAYCAN)
FC Trencin (Slovakya)
IL Hodd (NORVEC)
HB Torshvan (FARÖE ADALARI)
FK Pljevlja (KARADAG)
Turku PS (FINLANDIYA)
Kopavogur (IZLANDA)
Derry City (Irlanda)
UEFA Avrupa Ligi
1. Ön eleme turu: 4 ve 11 Temmuz 2013
2. Ön eleme turu: 18 ve 25 Temmuz 2013
3. Ön eleme turu: 1 ve 8 Ağustos 2013
Play-off eleme turu: 22 ve 29 Ağustos 2013
Grup 1. maçları: 19 Eylül 2013
Grup 2. maçları: 3 Ekim 2013
Grup 3. maçları: 24 Ekim 2013
Grup 4. maçları: 7 Kasım 2013
Grup 5. maçları: 28 Kasım 2013
Grup 6. maçları: 12 Aralık 2013
Son 32 turu: 20 ve 27 Şubat 2014
Son 16 turu: 13 ve 20 Mart 2014
Çeyrek finaller: 3 ve 10 Nisan 2014
Yarı finaller: 24 Nisan ve 1 Mayıs 2014
Final: 14 Mayıs 2014
